Film vypráví o mývalech, kteří žijí v klidu poblíž Tokia. Žijí v klidu a míru, dokud se město nezačne rozrůstat. Lidé vykácí jejich rodné lesy a snaží se tam postavit městskou zástavbu. Mývalové se svými schopnostmi přeměny se je snaží zastavit, ale dokáže vůbec...
Za dávných časů bylo v Japonsku bráno opuštění klanu jako zrada, ale Kanichiro Yoshimura ze své rodné vesnice přesto odešel. Dostal se do elitní Shinsengumi, školy nejlepších samurajů. A i když zprvu jako samuraj příliš nevypadal, choval se hamižně a pro pár pytlů rýže...
Gojira se po dlouhé době vynoří opět z hlubin oceánu a začne pustošit vše, co jí přijde do cesty. Vědec Shinoda, zakladatel GPN (The Godzilla Prediction Network), společně se svou malou dcerou Io zasvětil svůj život studiu legendárního monstra a teď má konečně příležitost...
V tomto díle hrozí Zemi katastrofa, která by měla za následek zničení celé planety. Godzilla se hrozivě zahřívá a mohla by zapříčinit protavení až k zemskému jádru. Vojáci se jí proto pokoušejí všemožně ochlazovat až je nakonec zmražena. Ale město je napadeno...
